Sarayın iç kısmı manâsına gelmekte olup, “Enderûn-ı Hümâyûn” şeklinde de kullanılırdı. İstanbul’un alınmasından sonra Fatih, Topkapı Sarayı'nı yaptırdı. Dört tarafı surlarla çevrili bu saray; değirmenleri, fırınları, bostanları, silah depoları, koğuşları ve mescitleriyle adeta bir kasaba idi. Mutfaklarında günde yirmi bin kişiye yemek dağıtılıyordu. Fatih, Osmanlı Devleti'nin teşkilâtını temelleştirirken, Enderûn’u da sağlam esaslara oturttu. Meşhur kanunnâmesinde Enderûn için bazı maddeler koydu. Enderun, Fatih’in büyütmesiyle de kalmadı. Osmanlı hudutları büyüdükçe buna paralel olarak saray teşkilâtı da genişletildi. Sarayın Enderun halkını, devşirme denilen bazı Hıristiyan tebaa çocukları veya harplerde esir alınıp yetiştirilen gençler meydana getirmekteydi. Bunlar devşirme kanununa göre sekiz ilâ on sekiz yaşları arasında toplanıp önce Edirne Sarayı, Galata Sarayı, İbrahim Paşa Sarayı gibi saraylarda tahsil ettirilip, Türk-İslâm âdet ve geleneklerine göre yetiştirilirdi.

Bu saraylarda eğitim gören içoğlanlarından başarılı olanları, belli aralıklarla, çıkma denilen usul ile, ihtiyaca göre Enderûn Mektebine alınır, diğerleri ise Kapıkulu Süvari Bölüklerine gönderilirdi.

Topkapı Sarayı Enderûn Mektebinde, hem devlet adamı veya sanatkâr olmak üzere tahsil ve terbiye gören, hem de çeşitli hizmetlerde bulunan içoğlanları (gılâmân-ı enderûn) altı odaya ayrılmışlardı. Aşağıdan yukarıya doğru bu altı oda şunlardır: 1) Büyük ve küçük odalar, 2) Doğancı koğuşu, 3) Seferli odası, 4) Kiler, 5) Hazine odası, 6) Hasoda.

Topkapı Sarayı içoğlanları, dolamalı ve kaftanlı olarak iki sınıf idiler. Büyük ve küçük oda gılmanlarına, dolama giydiklerinden dolayı dolamalı, seferli, kiler, hazine ve hasoda gılmanlarına da kaftan giydikleri için kaftanlı denilirdi.

Enderûn mektebinde ilk müfredat programı; Kurân-ı kerîm, ilm-i hâl, tecvit gibi sadece dinî bilgileri öğreten derslerden ibaretti. İkinci Murad Han zamanında müfredat programları geliştirilip; tefsir, hadis, fıkıh, feraiz, şiir ve inşâ, hey’et, hendese, coğrafya, ilm-i kelâm, mantık, meânî, bedî’ ve beyân ile hikmet dersleri verilmeye başlandı.

Enderûn mekteplerine alınan içoğlanları, öncelikle buradaki hazırlık sınıfları olan küçük ve büyük oda gılmanları arasına katılırlardı. Buradaki okuma-yazma, özellikle Kur’ân-ı kerîm tahsiliyle ilgili derslerdi. Buradan doğancı koğuşuna geçen içoğlanları, eğitim ve öğretime devam ederlerdi. Doğancı koğuşunun 1675’te kaldırılmasından sonra yüksek tahsilin ilk basamağı, seferli odası oldu.

Enderûn Mektebinde asıl eğitimin başladığı bu odada, tetimme medreselerine denk bir eğitim gören içoğlanları, dersleri dışında Farsça okumak ve en az bir zanaat, sanat veya fenle (zekâ tespiti sonunda belirlenen istidatlarına göre) ilgilenmek zorundaydı. Bunlar dışında ata binmek, iyi silâh kullanmak isteyenler, iyi bir silahşor olarak yetiştirilirlerdi. Güzel yazı (hüsn-i hat), cilt sanatı, tezhib, tasvir, mîmârî gibi sanatları öğrenmek isteyenler, şiir, edebiyat ve tıp, matematik, hendese gibi bilimlere ilgi duyanlar da, ilgilendikleri alanlarda sarayda görevli bilginlere veya ehl-i hıref-i hâssa (sarayda bulunan mesleğinde ehil sanat erbâbı) üstatlarına devam ederlerdi. Bunlar için hükümetçe, zamanın en büyük sanatkâr ve bilim adamları görevlendirilir, saray-ı hümâyûn hocaları unvanını alan bu üstatlar, haftada bir defa Enderûn Mektebine gelirler, öğrenciler tarafından karşılandıktan sonra da o günkü konuyu işlemeye başlarlardı. İçoğlanları, aldıkları bu dersle yetinmezler, kendilerinden eski olan oda kıdemlilerinin çevrelerinde dört-altı kişilik gruplar meydana getirerek, kendi kendilerine küme çalışmalarına devam ederlerdi. Böylece yedi-sekiz yıllık bir eğitim ve öğretimi bitiren delikanlılar ya bir üst sınıfa geçerler, ya bir saray görevine tayin edilirler veya uygun bir subaylıkla saray dışına verilirlerdi. Daha sonra sırasıyla Kiler ve Hazine odasında eğitim gören gılâmân-ı enderûn en son Hasoda denilen bölüme gelirlerdi.

Hasodadakiler, Enderûn Mektebinin elit (en yüksek) kısmı idiler. Genç olmalarına rağmen büyük bir mevkie sahip olurlardı. Burada bulunanlara, devrin en yüksek eğitimi ve öğretimi verilirdi. Buradaki eğitimin ana hedefi, elemanları, idarecilik yönünden yetiştirmekti.

Hasodalılar, eskilik ve acemiliklerine göre dış hizmete çıkarılırlardı. Eğer eskilerden ise müteferrikacılık, acemi ise çâşnigirlikle çıkardı. Hasodalıların, sancak beyliği ile çıktıkları da görülürdü.

Enderûn’a ait bütün odaların ve koğuşların, harfi harfine tatbik edilen nizamnâmeleri vardı. Tertip ve tanzim edilmemiş, kendi hâlinde bırakılmış hiçbir şey yoktu. Koğuşlarda disiplin son derece sıkı idi. Yatılıp kalkılacak ve dinlenilecek zamanlar da dakika şaşmazdı. Hasodalılar hariç, diğer daire mensupları, güneşin doğmasından iki saat önce kalkarlardı. Kalkış ve yatış saatleri, güneşin doğuş ve yatsı namazının vaktine göre devamlı değişirdi. Yatsı namazı cemaatle kılındıktan sonra hemen yatılırdı. Bu esaslar doğrultusunda kurulup teşkilâtlanan Enderûn-ı Hümâyûn Mektebi, kuruluşundan itibaren aşağı yukarı devletin bütün büyük siyasî ve askerî memurlarını yetiştirdi. Bu memurlar, mektepten aldıkları terbiyenin mükemmelliği sayesinde, Osmanlı Devletine sadakat ve hamiyetle hizmet ettiler.

Diğer taraftan Enderûn-ı Hümâyûn, devletin günlük hayatının en canlı alanı idi. Akağalar Kapısı önündeki mermer sütunlarla çevrili revakta cülûs-ı hümâyûn, ayak dîvânı, bayramlaşma gibi merasimler veya olağanüstü toplantılar yapılırdı. Harplerde Sancak-ı şerîf, bu kapı önüne dikilirdi. Bâbüssaâde’nin iki kapısı arasında Kapıağası Dairesi yer alırdı. Burada, iç kapıdan girilince tam karşıda arz odası ve onun arkasında İkinci Selim Han zamanında yaptırılan 12 sütunlu mermer havuz yerine, Üçüncü Ahmed Han tarafından yaptırılan kütüphane yer almaktadır. Enderûn-ı Hümâyûnda ayrıca hazîne-i hümâyûn (iç hazîne, enderûn hazînesi), kiler-i hassa, hazine kethüdâsı dairesi, hazine koğuşu, Hırka-i saâdet ve mukaddes emânetleri ihtiva eden hasoda, enderûn ağaları mescidi, padişahın özel mutfağı (kuşhâne) bulunmaktadır. Enderûn bölümünde Sultan Dördüncü Murad’ın yaptırdığı Bağdat, Revan ve Kara Mustafa Paşa Köşkü ile Mecidiye Kasrı da yer almaktadır.

Saray teşkilâtının kurulduğu ilk zamanlarda Enderûn ricâlinin en büyüğü Kapıağası idi. Sonraları Bâbüssaâde Ağası unvanını alan bu memur, topyekün Enderûn memuriyetinin amiriydi. Maiyetinde, kapıoğlanı ismiyle otuz-kırk kişi bulunurdu. Bunlardan; miftâh ağası, peşkir ağası, şerbet ağası, ibrik ağası diğerlerinin büyüklerindendi ve doğrudan baş ağanın maiyeti sayılırlardı. Kapıağası, her zaman padişaha refakat ederdi. Yalnız, padişah seferde ve avda bulunduğu zaman yanında bulunmaz, sarayın muhafazası hizmetini ifa ederdi. Taşra hizmetine verilip saray dışına çıkarıldığı zaman, Mısır valiliğine (16. asır sonlarında) gönderilirdi.

Enderûn ağalarının ikincisi Hasodabaşı idi. Padişahın en yakın hizmetini görenler, bunun emrindeydi. Emri altında Hasoda gılmanı ismi verilen içoğlanları vardı. Hasodabaşı da daima padişahla beraber bulunurdu. Saraydaki emânât-ı mukaddesenin (Mukaddes Emanetler) muhafazası da hasodaya aitti. Ayrıca Hırka-i saâdetin huzurunda Kur’ân-ı kerîm okurlardı. Silahdâr Ağa, has oda ağalarının ikincisiydi. Sarayda, padişaha ait kılıç, tüfenk, ok, yay, zırh gibi eşyaları bu ağa muhafaza ederdi. Hasoda ağalarının üçüncüsü olan çuhadar ağa, alaylarda ata binerek padişahın gerisinde gider ve yağmurluğunu taşırdı. Hasodanın dördüncü ağası olan rikâbdâr ile hasoda ağalarının sonuncusu olan tülbend gulâmının vazifesi, padişahın hususî eşyalarını taşımak ve hizmetini görmekti. Bu ağalar ve emrindekiler, üzerlerine düşen hizmetleri görürlerken, eğitimlerini de aksatmadan devam ettirirlerdi. Bu ağalar, saray içi terfilerde sıraya göre birbirilerinin yerine terfi ederler, saray dışına çıktıklarında da vezir pâyesini alırlardı.

Enderûn ağalarının üçüncüsü, aynı zamanda hazîne-i hümâyûn görevlilerinin reisi olan Hazînedârbaşı idi.

Kilercibaşı, Enderûn ağalarının dördüncüsüydü. Padişah yemek yerken hizmet-i hümâyûnda bulunur, kilercilere nezaretle beraber sofra edevâtını muhafaza ederdi.

Beşincisi, Sarayağası idi. Sarayağası, Enderûn-ı Hümâyûn namını alan, hasoda, hazine, kiler ve seferci odası, doğancı koğuşu ile büyük ve küçük odaların muhafazasına nezaret ederdi. Maiyetinde yine ağalardan kırk nefer bulunurdu.

Enderûn'da çok sıkı bir intizam vardı. Kıdemli olmak büyük bir meziyet teşkil ederdi ve her ağa kendinden eski olana hürmet etmek mecburiyetinde idi. Kanun, küçük bir ihmalkârlığa bile yer vermeden tatbik olunur, en küçük bir disiplinsizliği görülen, derhal saray dışına çıkarılırdı.

Enderûn halkı, gün doğmadan önce kalkar, abdest alıp topluca sabah namazını kılardı. Padişah da ekseriyâ sabah namazını Enderûn Camiinde kılardı.

Enderûn'da; kuşlukta, ikindide ve yatsıdan sonra olmak üzere günde üç defa yemek verilirdi. Bu yemekler, ilk zamanlar iki kap iken, zamanla dörde, sonra da altıya çıkmıştı.

Enderûnluların elbiseleri, hünkâr (padişah) tarafından tedarik edilirdi. Ağalar, başlarına som sırma takke ve takkenin altına iç fesi giyerlerdi. İki kollarının yanından enlice siyah kadifeden zülüf denen uzun birer alâmet sallandırırlardı. Üstlerine, mevsime göre kaftan ve altlarına entâri giyer, bellerine ağır sırma işlemeli, kapaklı kemer takarlardı. Padişahla dışarı çıktıklarında, kalıp işi denilen kavuk giyerler ve bellerine lâhûrî şal sararlardı. Eskiler, mücevherli bıçak ve hançer takarlardı.

Bilhassa ilk kuruluş ve devletin yükselme devrelerinde hakiki bir mektep vazifesi gören Enderûn’dan, altmış sadrazam, üç şeyhülislâm, yirmi beş kaptan paşa yetişti. Yirminci asrın tanınmış psikologlarından Amerikalı Terman, Enderûn okullarına, alınan talebeler ile ilgili olarak; “Zekâ ölçmek, test usulünü kullanmak, ilk olarak Osmanlılarda, Enderûn’a seçilen talebelerde başladı.” demektedir.

Osmanlı orduları Viyana’ya kadar gelince, Avrupa devletleri, çok korku ve telâşa kapıldılar. İslâmiyet, Avrupa’ya yayılıyor, Hıristiyanlık yok oluyor diye şaşkına döndüler. Osmanlı akınlarını durdurmak için çareler aradılar, çok uğraştılar. Sonunda İstanbul’da bulunan İngiliz sefiri, müjdeyi gece yarısı şifre ile bildirdi. Şifresinde; “Buldum, buldum, Osmanlıları zaferden zafere ulaştıran sebebi ve bunları durdurmanın çaresini buldum” diyor ve bulduğu çareleri şöyle anlatıyordu:

“Osmanlılar, aldıkları esirlere hiç kötülük yapmıyor, kardeş gibi davranıyorlar. Hangi milletten, hangi dinden olursa olsun, küçük çocukların zekâlarını ölçüyorlar. Keskin zekâlı çocuklar seçilerek saraydaki (Enderun) denilen mekteplerde, değerli öğretmenler, tarafından okutuluyor, İslâm bilgileri, İslâm ahlâkı, fen, kültür dersleri verilerek, kuvvetli, başarılı Müslüman olarak yetiştiriliyorlar. Osmanlı ordularını zaferden zafere ulaştıran değerli kumandanlar, Sokullular ve Köprülüler gibi seçkin siyaset ve idare adamları, hep böyle yetiştirilen keskin zekâlı çocuklardı. Osmanlı akınlarını durdurmak için, bu Enderûn mekteplerini ve bunların kolları olan medreseleri yıkmak, Osmanlıları fende geri bırakmak lâzımdır.”

Devşirme usulünün kalkmasından sonra, Enderûn’a köleler alınmaya başlandı. Ancak birçok vezir, asilzâde ve tüccar, şeref bulmak düşüncesi ile çocuklarını Enderun’da okutabilmek için köle diye Saraya satıyorlardı. Bu durum anlaşılınca padişahlar, zâdegân takımından gençlerin Enderûn'a kaydedilmesini emrettiler.

İkinci Mahmud Han, yeniçerilerin kaldırılmasıyla başlanan ıslahât sırasında, Enderun’da da hayli değişiklik yaptı. Enderûn-ı Hümâyûn Nezâreti nâmıyla bir nezaret teşkil olundu ve ayrıca Mâbeyn-i Hümâyûn Müşirliği ihdas edildi. Sultan Abdülmecid Han zamanında Dolmabahçe Sarayına nakledilen Enderûn’un eski vaziyeti gevşemeye ve bozulmaya başladı. Mâbeyn, Enderûn’dan ayrıldı. Enderun müstahdeminin eski terakkî yolları kapandı. Tanzimat ile mekteplerden fen dersleri kaldırılıp Enderûnlar da değerini kaybedince, Sultan İkinci Abdülhamid Han, günün şartlarına uygun orta dereceli mektepler ve fakülteler açtı.