Bu teşkilâtın başındaki vazifeliye “hekimbaşı” denilirdi.

Bazı kaynaklara göre Fatih Sultan Mehmed Han'dan önce Sultan İkinci Murad Han döneminde yerleşmeye başlayan bu kuruluş, sonraları daha da gelişti. Sultan İkinci Murad Han döneminde Hekim Şeyhî’nin, hekimbaşı olarak tayin edildiği bilinmektedir. Hekimbaşı, padişahın çevresinde çalışan kişilerin en büyüklerinden sayılırdı. Bu sebeple hekimbaşılığa tayin edilenlere 18. yüzyıla kadar sadrazamlar, sonraları da dârüssaâde ağaları, padişah tarafından hediye edilen bir kürk giydirirlerdi.

Hekimbaşı, dârüssaâde ağasına bağlı olmakla beraber her türlü yazışmaları sadrazamla yapardı. Bütün sağlık personelinin tayin ve göreve alınmalarında onun tavsiyeleri alınırdı. Hekimbaşılarına geçimleri için arpalık yani herhangi bir yerin vergisi verilirdi. Diğer İslâm memleketlerinde olduğu gibi Osmanlı Türklerinde de, Kur’ân-ı kerîm’in getirdiği sağlık prensipleri ve Peygamberimizin sağlıkla ilgili hadîs-i şerîfleri uyulacak sağlık kuralları olmuştur. Hekimlik hizmetlerinde, koruyucu hekimliğin, tedavi hekimliğinden daha kıymetli olduğunun farkında olan Müslümanlar, İslâmiyet'in koyduğu kurallarla şimdiki modern hijyen ilminden daha öndeydiler. Bu kaidelere riayet edenlerin hastalanmayacaklarını Peygamber efendimiz bildirmiştir.

Hekimbaşının salâhiyetleri bugünkü sağlık bakanının salâhiyetlerine eşitti. Ancak bu salâhiyetler askerî alana da yansırdı. Savaş zamanında hekimbaşı, aynı zamanda “ordu hekimbaşısı” idi. Müneccimbaşılık vazifesini de gören hekimbaşılar, her yıl hicrî yılbaşında bir zayice (hâdiseleri düzenleyen yıllık cetvel) yapıp padişaha takdim ederlerdi. Ayrıca adlî tabiplik görevini de yürütürlerdi. Bir âdet olarak padişahların ölümünde hekimbaşılar görevden alınırlardı. Ancak padişahın tahttan çekilme durumunda görevlerinde kalırlardı.

Hekimbaşının emrinde 19. yüzyıla kadar cerrahbaşı, kehhalbaşı (göz mütehassısı) ve eczacı kalfaları vardı. Bu tarihe kadar hekim ve eczacı aynı kişi olduğundan ayrıca bir eczacıbaşılık yoktu.

Hekimbaşılığın yetkileri 19. asrın ortalarında sınırlandırıldı. Çünkü bu zamanda tıp alanında modernleşmeye gidilmesi, bazı kânun, tüzük ve yönetmeliklerin çıkarılmasına sebep oldu. Ayrıca hekimbaşının vazifesi sarayın sağlığı ile ilgilenmekten ibaret olduğundan, “hekimbaşılık” yerine “sertabiplik” deyimi kullanıldı. 1837’de Harbiye Nezaretinde kurulan Sıhhiye Dairesi, askerî alandaki sağlık konularını, 1850’de kurulan Mekteb-i Tıbbiye-i Şâhâne ve Umûr-ı Tıbbıye-i Mülkiye Nezâreti ise sivil alandaki sağlık konularını ele aldı. 1869 tarihli İdare-i Tıbbiye-i Askeriye Nizamnamesi gereğince kurulan Umûr-ı Sıhhiye-i Askeriyye Meclisi, askerî sağlık işlerini devraldığı gibi, gene o yıl kurulan Meclis-i Umûr-ı Tıbbıye-i Mülkiye de sivil sağlık işlerini üzerine almıştır. Bu son kuruluş 1906’da Meclis-i Maârif-i Tıb ve 1908’den sonra da Meclis-i Umûr-ı Tıbbiye-i Mülkiye ve Sıhhiye-i Umûmiye adlarını almıştır. 1912’de bu meclis tamamen kaldırılarak İçişleri Bakanlığına bağlı Sıhhiye Müdüriyet-i Umûmiyesi kurulmuştur. Daha sonra 1914’te Dâhiliye ve Sıhhiye Nezareti adını alan bu kuruluş, 1920’de Sıhhat ve İçtimâî Muâvenet Vekâleti, Sağlık ve Sosyal Yardım Bakanlığı adını alarak son şekline geçmiştir. Böylece eskiden hekimbaşıların üzerinde olan her türlü sivil sağlık işlerinden bugün bu bakanlık sorumludur.

On beşinci yüzyıldan itibaren hekimbaşılık yapmış olan zatlar şunlardır: Kaysunizâde Mehmed Efendi, Emir Çelebi, Sakızlı İsa Çelebi, Halepli Salih bin Nasrullah, Hayâtîzâde Büyük Mustafa Feyzî Efendi, Giritli Nuh Efendi, Hasan Efendi, Suphizâde Abdülazîz Efendi, Gevrekzâde Hâfız Hasan Efendi, Mustafa Behçet Efendi, Abdülhak Molla, Cerrah İsmâil Paşa.

Bunlardan Hekimbaşı Abdülhak Molla’nın Bebek’teki eczanesinin kapısına astığı “Ne ararsan bulunur, derde devadan gayri” sözü pek meşhurdur.